(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210617319.3 (22)申请日 2022.06.01 (71)申请人 华南农业大 学 地址 510642 广东省广州市天河区五山路 483号 (72)发明人 张细权　闲明健　任团辉　 (74)专利代理 机构 广州粤高专利商标代理有限 公司 44102 专利代理师 赵崇杨 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种与鸡胫长性状相关的InDel标记及其检 测引物和应用 (57)摘要 本发明公开了一种与鸡胫长性状相关的 InDel标记及其检测引物和应用。 本发明从鸡 ZNF532基因中发现了与鸡胫长性状相关的InDel 标记， 并提供了用于检测所述InDel标记 的引物 和试剂盒。 本发明所述InDel标记具有检测方便、 检测成本低廉和检测准确性高的优点， 可用于鸡 胫长性状的分子选育， 有助于鸡胫长性状遗传育 种工作的发展。 权利要求书1页 说明书6页 序列表2页 附图1页 CN 114959060 A 2022.08.30 CN 114959060 A 1.一种与鸡胫长性状相关的InDel标记， 其特征在于， 所述InDel标记位于鸡参考基因 组第Z号染色体的第868584～868628bp处， 所述InDel标记为插入/缺失多态性标记， 即其在 第868584bp处缺失单个碱基A， 在第868585～868628bp处插入SEQ  ID NO.5所示序列； 或其 在第868584bp处插 入单个碱基A， 在第868585～868628bp处缺失SEQ  ID NO.5所示序列。 2.权利要求1所述 InDel标记的检测引物。 3.根据权利要求2所述检测引物， 其特征在于， 上游引 物的核苷酸序列如SEQ  ID NO.2 所示， 下游引物的核苷酸序列如SEQ  ID NO.3所示。 4.权利要求1所述InDel标记的检测试剂盒， 其特征在于， 所述试剂盒中含有权利要求2 或3所述检测引物。 5.根据权利要求4所述检测试剂盒， 其特征在于， 所述试剂盒中还含有PCR扩增所需试 剂。 6.一种选 育胫长性状更优的鸡个 体的方法， 其特 征在于， 包括以下步骤： S1.提取待测鸡个 体的基因 组DNA； S2.分别以步骤S1所得DNA和InDel标记插入型对照质粒为模板， 利用权利要求2或3所 述检测引物进行PCR扩增； S3.对步骤S2所 得PCR扩增产物进行电泳分析； S4.结果判定： 若出现大小与对照质粒扩增所得条带相同的单一条带， 则表明所测鸡个 体为II基因型纯合子； 若出现比对照质粒扩增所得条带小43bp的单一条带， 则表明所测鸡 个体为DD基因型纯合子； 若 出现大小相差43b p且较大的一条带与对照质粒扩增所得条带相 同的双条带， 则表明所测鸡个体为ID 基因型杂合子； 其中， II基因型纯合子鸡个体则为胫长 性状更优的鸡个 体。 7.根据权利要求6所述方法， 其特征在于， 若仅 通过电泳无法准确判断所测鸡个体是否 为II基因型纯合子， 则对所得单一条带进行测序， 若测序结果显示所得序列中与第 868584bp处对应位置的缺失单个碱基A， 且与第868585～868628bp处对应的位置插入SEQ   ID NO.5所示序列， 则表明所测鸡个体为II基因型纯合子； 反之则表明所测鸡个体为DD基因 型纯合子。 8.根据权利要求6所述方法， 其特 征在于， 步骤S1提取DNA所用样本为血 液。 9.权利要求1所述InDel标记、 权利要求2或3所述检测引物或权利要求4所述检测试剂 盒在鸡胫长性状分子标记辅助选 育中的应用。 10.根据权利要求9所述应用， 其特 征在于， 选择I I基因型纯合子鸡个 体。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114959060 A 2一种与鸡胫长性状相关的InDel标记及其检测引物和应用 技术领域 [0001]本发明属于分子标记技术领域。 更具体地， 涉及一种与鸡胫长性状相关的InDel标 记及其检测引物和应用。 背景技术 [0002]鸡的育种方向很大程度上取决于终端消费者的消费偏好。 我国人民独特的饮食习 惯， 使得我国对鸡爪这一富含胶原蛋白、 磷脂、 铜等营养物质， 同时具有美容养颜、 降脂降 压、 促进身体各组织系统发育修复等功效的食材表现出巨大的需求。 目前， 国内批发市场提 供的优质鸡爪， 即爪大、 胶原蛋白丰富、 外表干净整洁无杂色的鸡爪大多来自国外进口， 而 国产鸡爪因胫长较短， 整体偏小、 偏瘦的原因， 一直不受消费者喜爱， 需要选育胫长更优的 鸡品系。 [0003]传统的杂交育种方式， 即通过将父母代杂交， 形成遗传多样性的不同， 再根据杂交 后代的选育获得胫长更优的后代的这一过程十分缓慢， 选育期间不仅需要耗费巨大的人 力， 而且育种结果复杂、 不可预期， 需要进行大量的制种、 选种工作。 此外， 对家禽的不利选 育还会导致某些优势基因型 的丢失。 因此， 为在保持种质特性不改变的情况下提高地方畜 禽品种的经济性状， 从而进一步对畜禽遗传资源进 行保护、 开发和利用， 借助现代分子标记 就显得尤为重要。 [0004]分子标记是继形态标记、 细胞标记和生化标记之后发展起来的一种遗传标记形 式， 它以蛋白质、 核酸分子的突变为基础， 检测生物遗传结构与其变异， 被广泛应用于作物 杂交品种鉴定、 连锁图谱构建、 遗传多样性分析、 比较基因组学和分子辅助选育等研究。 InDel标记， 即插入缺失(insertion ‑deletion)标记， 指的是两种亲本在全基因组中的差 异； 相对另一个亲本而言， 其中一个亲本的基因组中有一定数量的核苷酸插入或缺失。 InDel标记作为第三代高通量、 低成本的分子标记类型， 具有 经济实用、 特异性高、 稳定性好 等优点， 为分子标记辅助选 育提供了一种可选择的方法。 [0005]随着分子标记技术的日益成熟和完善， 分子标记在鸡胫长性状选育中的理论研究 和实际应用得到了长足的进展。 例如， 有专利公开了与鸡胫长性状相关的SNP分子标记， 但 尚未有关于与鸡胫长性状相关的I nDel标记的报道。 发明内容 [0006]本发明的目的是丰富与鸡胫长性状相关的InDel标记， 提供一种与鸡胫长性状相 关的InDel标记及其检测引物和应用。 [0007]本发明的第一个目的是提供一种与鸡胫长性状相关的I nDel标记。 [0008]本发明的第二个目的是提供 所述InDel标记的检测引物。 [0009]本发明的第三个目的是提供 所述InDel标记的检测试剂盒。 [0010]本发明的第四个目的是提供一种选 育胫长性状更优的鸡个 体的方法。 [0011]本发明的第五个目的是提供所述InDel标记、 所述检测引物或所述检测试剂盒在说　明　书 1/6 页 3 CN 114959060 A 3