(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202211030196.X (22)申请日 2022.08.26 (71)申请人 湖北省农业科 学院经济作物研究所 地址 430000 湖北省武汉市洪山区南湖瑶 苑 (72)发明人 周伟　戴照义　易丽聪　王运强　 伍娜　陈子彪　 (74)专利代理 机构 徐州君撷知识产权代理有限 公司 32673 专利代理师 钱宝 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12N 15/11(2006.01) C12Q 1/686(2018.01) (54)发明名称 一种与西瓜果皮底色相关的InDel分子标记 及其应用 (57)摘要 本发明属于西瓜 分子育种技术领域， 具体涉 及一种与 西瓜果皮底色相关的InDel 分子标记及 其应用。 本发明利用一个绿皮育种材料(W ‑2‑2) 和三白瓜杂交分别构建F2分离群体和BC1回交群 体， 发现该绿皮性状由单基因控制。 通过BSA ‑seq 方法将该基因定位于西瓜的9号染色体， 利用F2 分离群体进行精细定位， 并开发一个与该性状紧 密连锁的分子 标记I_P5。 利用上述 分子标记I_P5 可以实现苗期西瓜果皮底色的快速鉴定， 可以用 于西瓜的分子标记辅助育种。 权利要求书1页 说明书7页 附图1页 CN 115369184 A 2022.11.22 CN 115369184 A 1.一种与西瓜果皮底色相 关的InDel分子标记， 其特征在于， 所述分子标记为I_P5， 位 于西瓜基因组9号染色体上， 其在绿色果皮底色西瓜中的核苷酸序列如序列1所示， 在白色 果皮底色西瓜中的核苷酸序列如序列2所示。 2.根据权利要求1所述的与西瓜果皮底色相 关的InDel分子标记， 其特征在于， 绿皮材 料相比白皮材料在序列的5 ’端起第48位碱基处存在29bp的插入， 该插入位于西瓜基因组9 号染色体， 且位点插入29b p的西瓜果皮底色为绿色， 所述InDel位点没有碱基插入的表现为 白色。 3.一种用于检测如权利要求1或2所述的与西瓜果皮底色相关的InDel分子标记的引物 对， 其特征在于， 所述引物对的特异性引物和扩增的目的片段长度如下： 正向引物序列为TG GGTTTGGATACCCATCTTATTAACTTG； 反向引物序列为TAT TGGTAGAAATAGGGTTTATGAGATA AA， 扩增长度为126bp或97bp。 4.一种基于权利要求1～2任一项所述的InDel分子标记在鉴定或辅助鉴定西瓜果皮底 色中的应用。 5.一种利用权利要求1～2任一项所述的InDel分子标记鉴定苗期西瓜果皮底色的方 法， 其特征在于， 包括以下步骤： S1， DNA提取， 并使用分子标记I_P5对群 体单株的基因型进行分子检测； S2， 对检测结果进行分析： 若待测西瓜的核苷酸序列为序列表中的序列1， 则待测西瓜果皮底色为绿色； 若待测膝盖的核苷酸序列为序列表中的序列2， 则待测西瓜果皮底色为白色。 6.根据权利要求5所述的鉴定苗期西瓜果皮底色的方法， 其特征在于， 所述DNA提取具 体包括： 采用CTAB法提取待测西瓜材 料的基因 组DNA。 7.根据权利要求5所述的鉴定苗期西瓜果皮底色的方法， 其特征在于， 在步骤S1与S2之 间还包括： 扩增目的片段： 以待测西瓜材 料基因组DNA为模板， 利用上述引物对进行PCR扩增； 基因分型： 利用聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法鉴定所述InDel位点的碱基类型， 所述 InDel位点存在29bp插入的西瓜果皮底色为绿色， 无碱基插 入的西瓜果皮底色为白色； PCR反应体系： 2×PCR Mix 12.5 μL、 DNA  2.5 μL、 上游引物1.5 μL、 下游引物1.5 μL； PCR程序： 94℃2min； 94℃10sec， 58℃ 10sec， 72℃10sec， 共33个循环； 72℃7min； 4℃保 存。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115369184 A 2一种与西瓜果皮底色相关的InDel分子标记及其应用 技术领域 [0001]本发明涉及西瓜分子育种技术领域， 更具体地， 涉及一种与西瓜果皮底色相关的 InDel分子标记及其应用。 背景技术 [0002]西瓜是全球十大消费水果之一， 在全世界范围内广泛种植。 中国是世界上最大的 西瓜生产及消费国。 果皮颜色是西瓜果实重要的外观品质性状之一， 是不同色素积累的结 果。 在消费市场上， 相比与黄 皮和白皮， 绿皮花纹的西瓜更 受消费者的喜 爱。 因此， 果皮颜色 已经成为影响西瓜市场价值的重要因素。 在此背景下， 研究西瓜果皮颜色的遗传及其分子 标记， 对于 选育受市场欢迎的西瓜新品种具有重要的意 义。 [0003]西瓜果皮底色遗传复杂， 受多个基因调控。 目前西瓜果皮底色调控的分子机理仍 不清楚， 因此需要进一步开展西瓜的果皮底色研究， 开发与特定果皮底色性状紧密连锁的 分子标记。 利用分子标记辅助选择技术对后代进 行基因型检测， 可显著缩短育种周期， 提高 育种效率。 发明内容 [0004]本发明针对现有技术中存在的西瓜果皮底色调控的分子机理仍不清楚的技术问 题。 [0005]本发明提供了一种与西瓜果皮底色相关的InDel分子标记， 所述分子标记为I_P5， 位于西瓜基因组9号染色体上， 其在绿色果皮底色西瓜中的核苷酸序列如序列1所示， 在白 色果皮底色西瓜中的核苷酸序列如序列2所示。 [0006]优选地， 绿皮材料相比白皮材料在序列的5 ’端起第48位碱基处存在29bp的插入， 该插入位于西瓜基因组9号染色体， 且位点插入29bp的西瓜果皮底色为绿色， 所述InDel位 点没有碱基插 入的表现为白色。 [0007]本发明还提供了一种用于检测与西瓜果皮底色相关的InDel分子标记的引物对， 所述引物对的特异性引物和扩增的目的片段长度如下： [0008]正向引物序列为TG GGTTTGGATACCCATCTTATTAACTTG； [0009]反向引物序列为TAT TGGTAGAAATAGGGTTTATGAGATA AA， 扩增长度为126bp或97bp。 [0010]本发明还提供了一种基于InDel分子标记在鉴定或辅助鉴定西瓜果皮底色中的应 用。 [0011]本发明还提供了一种利用InDel分子标记鉴定苗期西瓜果皮底色的方法， 包括以 下步骤： [0012]S1， DNA提取， 并使用分子标记I_P5对群 体单株的基因型进行分子检测； [0013]S2， 对检测结果进行分析： [0014]若待测西瓜的核苷酸序列为序列表中的序列1， 则待测西瓜果皮底色为绿色； [0015]若待测膝盖的核苷酸序列为序列表中的序列2， 则待测西瓜果皮底色为白色。说　明　书 1/7 页 3 CN 115369184 A 3