(19)国家知识产权局 (12)发明 专利 (10)授权公告 号 (45)授权公告日 (21)申请 号 202210577811.2 (22)申请日 2022.05.26 (65)同一申请的已公布的文献号 申请公布号 CN 114672587 A (43)申请公布日 2022.06.28 (73)专利权人 中国热带农业科 学院三亚研究院 地址 572000 海南省三 亚市崖州区创意产 业标准厂房二区三楼 235区 (72)发明人 纪长绵　郭安平　赵辉　贾瑞宗　 张雨良　王雨　郭静远　 (74)专利代理 机构 北京高沃 律师事务所 1 1569 专利代理师 薛红凡 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01)C12N 15/11(2006.01) (56)对比文件 CN 112442544 A,2021.0 3.05 CN 102918394 A,2013.02.0 6 审查员 谢庆宁 (54)发明名称 一种与番木瓜果实果糖含量相关的SNP分子 标记及其扩增引物、 检测试剂盒和应用 (57)摘要 本发明提供了一种与番木瓜果实果糖含量 相关的SNP分子标记及其扩增引物、 检测试剂盒 和应用， 属于分子生物学技术领域。 本发明基于 GWAS分析筛选获得一种与番木瓜果实果糖含量 相关的SNP分子标记， 位于Chr03染色体第 1897368位碱基 （Cpa03g002310基因promoter区 域） ， 命名为Cpa03g002310:1462， 在SEQ  ID NO： 1 所示序列的第253位存在T/C多态性， T等位基因 与番木瓜果糖含量极显著相关。 所述SNP分子标 记应用于检测番木瓜高果糖含量中， 有助于快速 检测高果糖含量的育种材料， 辅助杂交育种， 缩 短新品种培育周 期， 且检测成本较低、 不受环境 限制、 检测结果 准确性高、 易重复。 权利要求书1页 说明书7页 序列表1页 附图2页 CN 114672587 B 2022.09.27 CN 114672587 B 1.一种检测分型与番木瓜果实果糖含量相关的SNP分子标记的试剂在番木瓜果实果糖 性状育种中的应用， 所述SNP分子标记为在核苷酸序列如SEQ  ID NO:1所示序列第253位存 在T/C多态性位点； 当番木瓜材料的基因型为TT时， 所述番木瓜果糖含量高， 选择基因型TT 的番木瓜材料 用于后续育种。 2.根据权利要求1所述应用， 其特 征在于， 所述试剂包括引物对； 所述引物对为核苷酸序列如SEQ  ID NO:2所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ  ID NO: 3所示的反向引物。 3.一种检测分型与番木瓜果实果糖含量相关的SNP分子标记的试剂 盒在番木瓜果实果 糖性状育种中的应用， 所述SNP分子标记 为在核苷酸序列如SEQ  ID NO:1所示序列的基础上 第253位存在T/ C多态性位点； 所述试剂盒包括引物对； 所述引物对为核苷酸序列如SEQ  ID NO:2所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ  ID NO: 3所示的反向引物； 当番木瓜材料的基因型为TT时， 所述番木瓜果糖含量高， 选择基因型TT 的番木瓜材料 用于后续育种。 4.根据权利要求3所述应用， 其特 征在于， 所述试剂盒包括扩增缓冲液和标准品； 所述标准品为核苷酸序列如SEQ  ID NO:1所示的DNA分子 。 5.一种基于与番木瓜果实果糖含量相关的SNP分子标记辅助选育高果实果糖含量番木 瓜品种的方法， 其特 征在于， 包括以下步骤： 1） 提取待选 育材料的基因 组DNA； 2） 以步骤1） 中获得的基因 组DNA为模板， 以引物对进行PCR扩增， 得到PCR扩增产物； 3） 将步骤2） 中所述PCR扩增产物进行测序， 确定测序序列的第253位碱基的基因型， 当 基因型为TT时， 说明待选育材料的番木瓜果实具有高果糖含量的性状， 作为育种 材料用于 后续杂交育种； 所述SNP分子标记为在核苷酸序列如SEQ  ID NO:1所示序列第253位存在T/C多态性位 点； 所述引物对为核苷酸序列如SEQ  ID NO:2所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ  ID NO: 3所示的反向引物。 6.根据权利要求5所述方法， 其特 征在于， 步骤2） 中所述PCR扩增的反应 体系为： 2×  Rapid Taq Master Mix            12.5 μl 10 μM 正向引物                       1 μl 10 μM 反向引物                        1 μl DNA模板                             1 μl ddH2O                               9.5 μl。 7.根据权利要求6所述方法， 其特征在于， 步骤2） 中所述PCR扩增的反应程序为95℃   5min； 95℃ 30s、 54℃ 30s， 72℃ 30s， 35个循环； 72℃  5min。 8.根据权利要求6所述方法， 其特征在于， 步骤2） 中所述PCR扩增产物经纯化后， 收集 569bp长度的扩增片段进行测序。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114672587 B 2一种与番木瓜果实果糖含量相关的SNP分子标记及其扩增引 物、 检测试剂盒和应用 技术领域 [0001]本发明属于分子生物学技术领域， 具体涉及一种与番木瓜果实果糖含量相关的 SNP分子标记及其扩增引物、 检测试剂盒和应用。 背景技术 [0002]番木瓜是一种热带常绿果树， 为番木瓜科番木瓜属多年生肉质草本植物， 又名乳 瓜、 石瓜、 万寿果、 番瓜、 木冬瓜、 木瓜、 莲生果。 其原产于墨西哥和中美洲， 广泛栽培与全世 界的热带和亚热带地区， 自17世纪传入我国， 主产于广东、 海南、 广西、 云南、 台湾、 福建、 四 川西昌和江西赣州也有种植。 番木瓜鲜果外形美观、 皮薄肉厚、 汁多味美、 气味香甜、 营养丰 富。 成熟番木瓜果肉呈黄色或红色， 胡罗卜素、 番茄红素含量丰富， 具有卓越的保健效果和 重要的食用价值和工业价值。 然而番木瓜属于果糖含量较低的水果， 许多科研学者一直致 力于选育高果糖含量的番木瓜。 [0003]单核苷酸多态性(single  nucleotide polymorphism， SNP)， 主要 是指在基因组水 平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。 相比早期RAPD、 AFLP、 SSR等分子标记， SNP分子标记具有在个体基因组上分布广泛、 数量较多， 易于基因分型 （SNP的二态性） 、 适于 快速、 规模化筛查等优势。 然而目前， 还未有关于与番木瓜果实果糖含量相关的分子标记的 报道， 这无疑不利于番木瓜优良品种的选 育。 发明内容 [0004]有鉴于此， 本发明的目的在于提供一种与番木瓜果实果糖含量极显著相关的SNP 分子标记， 可用于检测或预测番木瓜果实果糖含量， 为选育番木瓜优良高产品种提供了基 础。 [0005]本发明提供了一种与 番木瓜果实果糖含量相关的S NP分子标记， 所述S NP分子标记 为在核苷酸序列如SEQ  ID NO:1所示序列的基础上第25 3位存在T/ C多态性位点。 [0006]本发明提供了一种基于所述SNP分子标记检测番木瓜果实果糖含量的引物， 包括 核苷酸序列如SEQ  ID NO:2所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ  ID NO:3所示的反向引物。 [0007]本发明提供了一种检测番木瓜果实果糖含量的试剂盒， 包括所述引物和检测试 剂。 [0008]优选的， 所述检测试剂包括扩增缓冲液和标准品; [0009]所述标准品为核苷酸序列如SEQ  ID NO:1所示的DNA分子 。 [0010]本发明提供了所述SNP分子标记、 所述引 物或所述试剂盒在检测或预测番木瓜果 糖含量或番木瓜育种中的应用。 [0011]优选的， 当番木瓜材 料的基因型为T T时， 所述番木瓜果糖含量较高； [0012]选择基因型T T的番木瓜材 料用于后续育种。 [0013]本发明提供了一种基于所述SNP分子标记辅助选育果糖含量番木瓜品种的方法，说　明　书 1/7 页 3 CN 114672587 B 3