(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210688401.5 (22)申请日 2022.06.17 (71)申请人 安徽农业大 学 地址 230036 安徽省合肥市蜀山区长江西 路130号 (72)发明人 严胜男　曹佳佳　常成　张海萍　 卢杰　马传喜　 (74)专利代理 机构 安徽汇朴律师事务所 341 16 专利代理师 刘海涵 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种与小麦穗发芽抗性相关的SNP分子标记 及其应用 (57)摘要 本发明提供一种与小麦穗发芽抗性相关的 SNP分子标记及其应用， 具体涉及遗传育种技术 领域， SNP位点对应于参考基因组IWGSC  RefSeq  v1.0版本的小麦6B染色体677353376bp处的A/G 碱基突变； 根据 SNP分子标记开发CAPS标记， 所述 CAPS标记被命名为6B ‑4099， 所述6B ‑4099具有如 SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或者如SEQID   NO.2所示的核苷酸序列。 CAPS标记用于鉴定小麦 抗穗发芽品种。 本发明的检测方法简便， 有助于 提高小麦抗 穗发芽分子 育种的效率。 权利要求书1页 说明书7页 序列表2页 附图1页 CN 114959101 A 2022.08.30 CN 114959101 A 1.一种与小麦穗发芽抗性相 关的SNP分子标记， 其特征在于， 所述SNP分别标记对应于 参考基因组IWGSC RefSeq v1.0版本的小麦 6B染色体67 7353376bp处的A/G碱基突变。 2.一种利用权利要求1所述的SNP分子标记开发的用于鉴定小麦穗发芽抗性的CAPS标 记， 其特征在于， 所述CAPS标记被命名为6B ‑4099， 所述6B ‑4099的核苷酸序列如SEQ  ID  NO.1或SEQ  ID NO.2所示。 3.一种利用权利要求2所述的CAPS标记鉴定小麦抗穗发芽品种的方法， 其特征在于， 具 体步骤如下： S1、 根据权利要求2所述的序列SEQ  ID NO.1和序列SEQ  ID NO.2设计特异性引物对， 根 据权利要求2所述的序列SEQ  ID NO.1和序列SEQ  ID NO.2的差异挑选限制性内切酶， 使得 序列SEQ ID NO.1和序列SEQ  ID NO.2被切割后获得不同切割结果； S2、 提取待检测的小麦基因 组DNA； S3、 以步骤S1设计的特异性引物对对步骤S2提取的DNA进行PCR扩增， 得到PCR扩增产 物； S4、 使用步骤S1挑选的限制性 内切酶对步骤S3获得的PCR扩增产物进行酶切， 并对酶切 产物进行电泳检测， 根据条 带数判定小麦品种。 4.根据权利 要求3所述的CAPS标记鉴定小麦抗穗发芽品种的方法， 其特征在于， 步骤S1 中设计的特异性引物中的上游引物如SEQ  ID NO.3所示核苷酸序列， 下游引物如SEQ  ID  NO.4所示核苷酸序列。 5.根据权利要求3或4所述的CAPS标记鉴定小麦抗穗发芽品种的方法， 其特征在于， 步 骤S3中使用的限制性内切酶为Hpy188I， 若步骤S4中的酶切产物的电泳条带为一条则为感 穗发芽品种， 若为若干条则为 抗穗发芽品种。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114959101 A 2一种与小 麦穗发芽抗性相关的SNP分子标记及其应用 技术领域 [0001]本发明属于小麦遗传育种技术领域， 具体涉及一种与小麦穗发芽抗性相关的SNP   分子标记及其应用。 技术背景 [0002]小麦在收获前遇到连阴雨天气容易发生籽粒在麦穗上发芽的现象， 即收获前穗发 芽 (Pre‑harvest Sprouting， PHS)。 PHS不仅会降低小麦产量， 而且导致品质劣化， 甚至失 去种用价值， 给农业生产造成严重的经济损失(Xiao  et al.2002)。 如， 受PHS影 响的小麦胚 乳中储藏物质(蛋白质、 淀粉等)会发生降解， 因此营养品质随之下降， 种用价值也受到影 响； 同时， 发生P HS的小麦籽粒中的α ‑淀粉酶活性增高， 导致面团黏性增强， 面包弹性差不易 被切开， 馒头的颜色发暗， 黏性增强， 面条咬劲变差， 口感变劣(Xiao  et al.2002)。 据报道， 在澳大利亚的新南威尔士州北部和昆士兰州， 夏季降雨造成的PHS灾害平均每年影响15％ 的谷物质量(Mares  1993)。 在另一个重要的小麦出口国加拿大， 种植了大约 800万公顷的春 小麦、 200万公顷的硬粒小麦和40万公顷的冬小麦， 每年都会在一定程度上发生PHS带来的 品质下降和产量损失(Clarke  et al.2005)。 [0003]种子休眠性是穗发芽抗性的主要遗传控制因素。 因此， 培育种子休眠性强的抗穗 发芽小麦品种 是收获季节多雨麦区应对穗发芽灾害的最经济、 有效且安全的途径。 利用分 子标记辅助育种技术可以加快抗穗发芽小麦新品种的培育进程。 挖掘种子休眠/抗穗发芽 基因位点， 并开发分子标记是开展分子标记辅助育种的重要前提。 [0004]研究表明， 小麦种子休眠/抗穗发芽相关位点遍及小麦21条染色体； 部分候选基因 已被图位克隆或同源克隆， 并开发了功 能标记， 为小麦穗发芽抗性的遗传改良提供了重要 的基因资源和标记(Anderson  et al.1993； Kato  et al.2001； Osa  et al.2003； Mori  et  al. 2005； Zhu  et al.2019； Zuo  et al.2019； Zhang  et al.2014， 2017； Yang  et al.2007； Chang et al. 2010； Nakamura  et al.2011； Liu  et al.2013； Torada  et al.2016； Wei  et  al.2019)。 如， Liu  等(2008， 2 013)检测到3AS染色体存在一个主效位点QPhs.pseru ‑3AS， 随 后通过图位克隆挖掘到候选基因TaMFT(TaPHS1)， 利用RNA干扰介导基因沉默的手段证实 TaMFT 对PHS抗性具有正向调 控作用； Zhang等(2014， 2017)采用比较基因组学方法克隆了 水稻种子休眠基因OsSdr4的同源基因T aSdr基因， 位于第2同源群， 分别命名为  TaSdr‑A1、 TaSdr‑B1和TaSdr ‑D1； 接着， 基于TaSdr ‑B1启动密码子上游‑11处和TaSdr ‑A1 第643位碱基 处的SNP分别开发成CAPS标记(cleaved  amplifed  polymorphism sequence  marker， CAPS) Sdr2B和Sdr2A， 并在连锁群体和自然群体中均验证了这2处SNP变异与种子休眠有关； Bailey等(1999)通过比较基因组学结合连锁图谱分析的方法将编码小麦转录因子 VIVIPAROUS ‑1的基因TaVp‑1定位在第3同源群的长臂上。 此外， 属于ABA诱导的小麦质膜19 基因家族的TaPM19 ‑A1和TaPM19 ‑A1(Barrero  et al.2015)、 编码丝裂原激活蛋白激酶3的 候选基因TaMKK3 ‑A(Barrero  et al.2015)和编码丙氨酸转氨酶的基因TaQsd1(Wei  et  al.2019)也被鉴定出与穗发芽抗性和种子休眠有关。 Jing  等(2021)同样也证实了Myb10 ‑D说　明　书 1/7 页 3 CN 114959101 A 3