(19)国家知识产权局 (12)发明 专利 (10)授权公告 号 (45)授权公告日 (21)申请 号 202210577816.5 (22)申请日 2022.05.26 (65)同一申请的已公布的文献号 申请公布号 CN 114672588 A (43)申请公布日 2022.06.28 (73)专利权人 中国热带农业科 学院三亚研究院 地址 572000 海南省三 亚市崖州区创意产 业标准厂房二区三楼 235区 (72)发明人 郭安平　纪长绵　赵辉　贾瑞宗　 孔华　郭运玲　 (74)专利代理 机构 北京高沃 律师事务所 1 1569 专利代理师 薛红凡 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01)C12N 15/11(2006.01) (56)对比文件 US 2014237678 A1,2014.08.21 US 2021180142 A1,2021.0 6.17 审查员 吴梦琦 (54)发明名称 一种SNP分子 标记Cpa03g0172 50： 8及其扩增 引物、 检测试剂盒和应用 (57)摘要 本 发 明 提 供 了 一 种 S N P 分 子 标 记 Cpa03g0172 50： 8及其扩增引物、 检测试剂盒和应 用， 属于分子生物学技术领域。 本发明基于GWAS 分析筛选获得一种与番木瓜果实宽度相关的SNP 分子标记， 位于Chr03染色体第26747694位碱基 （Cpa03g017250基因CDs区域）， 命名为 Cpa03g017250： 8， 在SEQ  ID NO:1所示序列的第 165位存在A/G多态性， 其中G等位基因与番木瓜 果实宽度极显著相关。 所述SNP分子标记可应用 于检测番木瓜高果实宽度育种材料， 有助于快速 检测高果宽育种材料， 辅助杂交育种， 缩短新品 种培育周期， 且检测成本较低、 不受环境限制、 检 测结果准确性高、 易重复。 权利要求书1页 说明书6页 序列表1页 附图3页 CN 114672588 B 2022.09.27 CN 114672588 B 1.一种引物或包含所述引物的试剂盒在检测或预测番木瓜果实宽度或番木瓜育种中 的应用； 所述引物包括核苷酸序列如SEQ  ID NO:2所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ  ID NO: 3所示的反向引物； 所述引物或试剂盒用于检测与番木瓜果实宽度相关的SNP分子标记； 所述SNP 分子标记 为在核苷酸序列如SEQ  ID NO:1所示序列第16 5位存在A/G多态性 位点； 番木瓜材 料的基因型为G G时， 番木瓜果实具有较宽的性状； 选择基因型为G G的番木瓜材 料进行后续育种。 2.一种基于SNP分子标记辅助选育宽果形番木瓜品种的方法， 其特征在于， 包括以下步 骤： 1） 提取待选 育材料的基因 组DNA； 2） 以步骤1） 中获得的基因 组DNA为模板， 以引物进行PCR扩增， 得到PCR扩增产物； 所述引物包括核苷酸序列如SEQ  ID NO:2所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ  ID NO: 3所示的反向引物； 3） 将步骤2） 中所述PCR扩增产物进行双向测序， 确定核苷酸序列如SEQ  ID NO:1所示序 列的第165位碱基的基因型， 当基因型为GG时， 说明待选育材料的番木瓜果 实具有宽果形的 性状， 作为育种材 料用于后续杂交育种； 所述SNP分子标记为在核苷酸序列如SEQ  ID NO:1所示序列的基础上第165位存在A/G 多态性位点。 3.根据权利要求2所述方法， 其特征在于， 步骤2） 中所述PCR扩增的反应体系为： 2 ×   Rapid Taq Master Mix 12.5 μl、 10 μM  正向引物  1μl、 10 μM  反向引物  1μl、 DNA模板  1μl、 ddH2O 9.5 μl。 4.根据权利要求2所述方法， 其特征在于， 步骤2） 中所述PCR扩增的反应程序为95℃   5min； 95℃ 30s、 56℃ 30s， 72℃ 30s， 35个循环； 72℃  5min。 5.根据权利要求2所述方法， 其特征在于， 步骤2） 中所述PCR扩增产物经纯化后， 收集 654bp长度的扩增片段进行测序。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114672588 B 2一种SNP分子标记Cpa03g017250： 8及其扩增引物、 检测试剂盒 和应用 技术领域 [0001]本发明属于分子生物学技术领域， 具体涉及一种SNP分子标记Cpa03g017250： 8及 其扩增引物、 检测试剂盒和应用。 背景技术 [0002]番木瓜是一种热带常绿果树， 为番木瓜科番木瓜属多年生肉质草本植物， 又名乳 瓜、 石瓜、 万寿果、 番瓜、 木冬瓜、 木瓜、 莲生果。 其原产于墨西哥和中美洲， 广泛栽培于全世 界的热带和亚热带地区， 自17世纪传入我国， 在广东、 海南、 广西、 云南、 台湾、 福建、 四川 西 昌和江西赣州有种植。 番木瓜鲜果外形美观、 皮薄肉厚、 汁多味甜、 气味香甜、 营养丰富。 成 熟番木瓜果肉呈黄色或红色， 胡 萝卜素、 番茄红素含量丰富， 具有卓越的保健效果和重要的 食用价值和工业价值。 发展番木瓜生产将极大刺激食品加工、 医药卫生、 美容保健和养殖业 等相关产业的发展， 具有重要的意 义。 [0003]水果果实的形状是影响其产量的重要因素， 另外， 果实的宽度是影响果实单果重 乃至水果总产量的重要因素， 因此， 育种 人员往往追求选育获得番木瓜果实宽度较大 的品 种。 [0004]单核苷酸多态性(single  nucleotide polymorphism， SNP)， 主要 是指在基因组水 平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。 相比早期RAPD、 AFLP、 SSR等分子标记， SNP分子标记具有在个体基因组上分布广泛、 数量较多， 易于基因分型 （SNP的二态性） 、 适于 快速、 规模化筛查等优势。 然而目前， 还未有关于与番木瓜果实宽度性状相关的分子标记的 报道， 这无疑不利于番木瓜优良品种的选 育。 发明内容 [0005]有鉴于此， 本发明的目的在于提供一种与番木瓜果实宽度性状极显著相关的SNP 分子标记， 可用于检测或预测番木瓜果实宽度， 为选 育番木瓜优良高产品种提供了基础。 [0006]本发明提供了一种SNP分子标记Cpa03g017250： 8， 所述SNP分子标记为在核苷酸序 列如SEQ ID NO:1所示序列的基础上第16 5位存在A/G多态性 位点。 [0007]本发明提供了一种基于所述SNP分子标记检测番木瓜果实宽度的引物， 包括核苷 酸序列如SEQ  ID NO:2所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ  ID NO:3所示的反向引物。 [0008]本发明提供了一种检测番木瓜果实宽度的试剂盒， 包括所述引物和检测试剂。 [0009]优选的， 所述检测试剂包括扩增缓冲液和标准品; [0010]所述标准品为核苷酸序列如SEQ  ID NO:1所示的DNA分子 。 [0011]本发明提供了所述SNP分子标记、 所述引 物或所述试剂盒在检测或预测番木瓜果 实宽度或番木瓜育种中的应用。 [0012]优选的， 番木瓜材 料的基因型为G G时， 番木瓜果实具有较宽的性状； [0013]选择基因型为G G的番木瓜材 料进行后续育种。说　明　书 1/6 页 3 CN 114672588 B 3